Nein, man kommt wieder runter, ca. auf der Mitte der Insel (ist natürlich eine gaaanz tolle Auskunft, da du ja noch nicht am Ende warst) ist oben eine Stelle, die wie ein Loch aussieht und auch ein Loch ist. Von da aus kannst du runter auf's Schiff springen. Ich würde entweder am Anfang der Insel noch mal ordentlich abspeichern und HP/MP auffüllen und den Absprungpunkt suchen (ist aber einfach zu finden). Oder, wenn du noch nicht zu weit bist nach dem letzten Speichern, noch Mal von dort aus beginnen. Ich würde vorziehen, bis zur Stelle zu kommen, an der man auf's Schiff zurückkommt, denn auf der fliegenden Insel kann man unheimlich schnell aufleveln.
Ich bin deswegen sogar zwei oder drei Mal die Insel abgelaufen und dann immer wieder runter um Items zu kaufen.