Meine eigene Interpretation sieht folgendermaßen aus:
Beruga und dessen Organisation in der auch der König von Loire Mitglied ist, wollen den Plan die Menschheit auszurotten um dann die eigene perfekte Gesellschaft aus den Ruinen zu erschaffen durchführen. Gleichzeitig will dadurch die Finsternis sich mit dem Licht vereinen und zu etwas neuem Mächtigeren werden. (Die Assoziation von Gut und Böse mit Licht und Finsternis finde ich etwas hier unpassend)
Die Rebellen (Roy, Mei-Lin, Kumari, Fyda) stellten sich Beruga entgegen. Jedoch scheinen sie zu spät zu kommen. Beruga steht kurz bevor sein Virus freizulassen.
Da der Held, welcher Beruga stoppen soll bereits tot ist (vielleicht schon von Beruga o. Ä. getötet), beschließt eine Macht (Licht?) die Welt zu retten indem sie alles Leben versiegelt und die Kontinente versenkt. Leider entsteht durch diese Versiegelung die fünf Türme in der Unterwelt. (ying-yang)
Hier beginnt nun die eigentliche Handlung von Terranigma.
Die Finsternis will natürlich ihren Plan weiterhin durchführen und erschafft ihr eigenes Dorf der Auserwählten. Da ja alle Seelen in der Unterwelt versiegelt sind, kann die Finsternis diese kopieren und so ihre eigene Version des Dorfes samt Schlüsselpersonen erschaffen. Wahrscheinlich wusste es auch von der damaligen Oberwelt-Melina und dass sie eine Schlüsselperson war und ist. Es wollte sie mit Hilfe vom Unterwelt-Ark wahrscheinlich manipulieren und für seine Zwecke einnehmen. Deshalb sorgte er dafür, dass sich der Unterwelt-Ark bereits mit der Unterwelt-Melina anfreundet (vielleicht auch ein Paar werden/sind).
Das Problem an der ganzen Sache ist der freie Wille, den alle Menschen haben. Ob sie nun von der Lichtseite oder von der Finsternisseite geschaffen wurden.
Dieser freie Wille hilft Ark über seine Bestimmung Beruga wiederzuerwecken hinauszuwachsen. Es gelingt ihm sich mit seinem früherem Licht-Ich zu vereinen und somit sich aus der Kontrolle durch die Finsternis bzw. des Lichtes zu befreien. Dadurch kann er sich schließlich gegen seinen Schöpfer stellen und dessen Pläne vereiteln in dem es dessen Körper zerstört.
Leider muss Ark sich dafür opfern.
Ich glaube nicht, dass die Finsternis an sich vernichtet werden kann, genauso wenig wie das Licht. Aber entmachtet kann sie werden.
Ich bin mir jetzt gerade nicht sicher wann Ark auf den „zweiten“ Fluffy trifft. Hat er da noch den anderen Fluffy und die Büchse? Könnte es sich nicht im Endeffekt um ein und denselben Fluffy samt Büchse handeln? Immerhin sind auch alle bisher gesammelten Items in dieser zweiten Büchse gelagert. Wenn dem so wäre dann gilt für Fluffy folgendes:
Fluffy ist weder Böse noch Gut sondern ein Abbild des Göttlichen. Ein Wesen, dass über allem steht und weder zum Licht noch zur Finsternis gehört. Somit würde auch dessen Erklärung Ursprung und Ziel allen Lebens zu sein einen Sinn ergeben.
Wenn er ein Abbild dieses Göttlichem wäre, würde dann seine Aufgabe einfach zu erklären. Es hat dafür zu sorgen, dass Licht und Finsternis im Gleichgewicht bleiben. Außerdem ist er daran interessiert die Welt wieder in ihren ursprünglichen Zustand zu versetzen, bevor es zu der Versiegelung kam. Damit die Menschen und Tiere in ihrer eigentliche Entwicklung voranschreiten können.
Auch wenn es noch weitere Spiele gibt, die zur Soul-Blazer-Reihe gehören. Glaube ich nicht, dass es eine interne storytechnische Verbindung zwischen den drei Teilen gibt.