Abgesehen von einigen zusätzlichen Sidequests und Boni ist natürlich und zum Glück alles gleich geblieben. Einen Unterschied gibt es aber doch. Die Szene in South Figaro in der Celes gefoltert wird wurde stark entschärft.
Neu sind in dieser Version:
- der Bonusdungeon Dragons' Den - ein 3-Gruppen-Dungeon wie Kefka's Tower; zugänglich nachdem die acht Drachen besiegt sind. Diese tauchen hier in weitaus stärkeren Varianten erneut auf.
- der Bonusdungeon Soul Shrine - eine Art Boss-Challenge, da hier fast jeder Boss, aber auch normale Gegner, erneut bekämpft werden können; zugänglich nachdem Hauptstory sowie Dragons' Den abgeschlossen sind
- die neuen Esper Diabolos, Leviathan, Gilgamesh und Cactuar
- Kaiser Dragon als optionaler Boss
- Omega Weapon als optionaler Boss
- zusätzliche Waffen und Ausrüstung
Ansonsten die üblichen Änderungen aller FF-Advance-Versionen, also z.B. Charakterportrais in den Textboxen, neue Schriftart, sowie kleinere Änderungen aufgrund technischer Anpassungen an den GBA. Außerdem wurde der Text komplett neu übersetzt, ist näher am Original gehalten, behält aber bekannte Zeilen der Woolsey-Übersetzung bei.