dann passiert nix.

du gehst zur truhe und holst dir den orb, fertig.
das ist bei allen truhen so, die einen waffen orb enthalten, und die zudem auch noch gegen ende des spiels erreichbar sind: man bekommt an anderer stelle (beispiel dämonenfestung) dann nicht die zusätzlichen orbs für die, die man nicht mehr erreicht.
und das du mit dem orb aus pandoria dann eine schlechtere waffe bekommst, würde ich nicht sagen:
(mal rein auf logik argumentiert) die waffen orbs bestimmen ja nicht, zu WAS die waffe verbessert wird, sondern nur, WANN sie verbessert werden kann.
mal ein beispiel dazu:
früher hab ich immer den (optionalen) schwertorb aus den nordstadtruinen ausgelassen (mir waren die gegner damals dort immer zu stark

). mit diesem würde ja eigentlich aus dem pestschwert das dämonenschwert gemacht.
nun kam ich mit meinem pestschwert nach tasnica, hab dort den schwertorb bekommen und das schwert verbessert - und hab trotzdem das dämonenschwert bekommen (obwohl der orb aus tasnica "besser" ist)
wie das nun allerdings mit den orbs aus der manafestung ist, sprich, ob man die schn bekommt, wenn einem noch einige orbs fehlen, weiß ich nicht... aber ich schätze mal, dass man die trotzdem bekommt.